本刊宗旨：推动科学研究、提高教学科研水平、繁荣和发展科学文化事业。刊登发表自然科学领域的新发明、新创造、新成果，全面反应我校在基础学科和应用学科方面的科研成果。本刊设有专题研究、研究简报、综合评述等栏目。 　

《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国化学化工文摘》、《中国生物文摘》等均定期收录本刊相关学科的文章摘要；“中国期刊全文数据库”、“万方数据库”、“中文科技期刊数据库”、科技部西南信息中心等国内大型数据库和科研机构均收录本刊。美国《数学评论》、《化学文摘》，俄罗斯《文摘杂志》，德国《数学文摘》，《日本科学技术文献速投》等均收录本刊。 　　

《内蒙古大学学报》（自然科学版）多次获得国家、省部级的奖励，包括：1993年全区首届科技期刊评比中被评为内蒙古自治区优秀科技期刊；1994年被“国家核心期刊研究会中国自然科学核心期刊课题组”确定为中国核心期刊，同年被评为华北地区优秀期刊；1995年在国家教委主办的优秀学报评比中，被评为A类学报（重点大学学报）第25名，同年荣获内蒙古高校优秀学报称号；1996年获国家优秀期刊三等奖；1997年荣获第二届内蒙古科技期刊一等奖及第二届全国优秀科技期刊三等奖；2000年被《中国中文核心期刊要目总览》确定为“综合性科学技术类”核心期刊，同年荣获《CAJ-CD规范》执行优秀奖；2001年获首届内蒙古期刊编校质量优胜奖；2002年获第二届内蒙古期刊奖及第六届“华北十佳优秀期刊奖”；2004年再次被确定为“综合性科学技术类”核心期刊；2006年获得首届中国高校优秀科技期刊奖；2007年被评为全国民族地区自然科学版“十佳”学报；2008年获得首届内蒙古高校精品学报奖，第二届中国高校优秀科技期刊奖。